Minęły dwa lata. Peter Parker (Tobey Maguire) przeżywa trudny okres próbując prowadzić podwójne życie. Z jednej strony musi być superbohaterem Spider-Manem, a z drugiej studentem college'u. Dręczony ukrywaniem tajemnicy postanawia zrezygnować i już nigdy nie wkładać kostiumu superbohatera. Jednak poczucie obowiązku zmusza go ponownie do wcielenia się w Spider-Mana, kiedy genialny naukowiec Dr Otto Octavius w wypadku zostaje zdeformowany i zostaje Dr Octopusem. Z czterema mataowymi mackami wystającymi z jego pleców staje się godnym przeciwnikiem Spider-Mana.